## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
# CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=bam_files/sample7.mrkdup.BL.filtered_hist.pdf HISTOGRAM_WIDTH=1000 MINIMUM_PCT=0.5 INPUT=bam_files/sample7.mrkdup.BL.filtered.bam OUTPUT=bam_files/sample7.mrkdup.BL.filtered_inserts.txt TMP_DIR=[tmp]    DEVIATIONS=10.0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
# Started on: Tue Oct 20 23:49:39 BST 2020

## METRICS CLASS	picard.analysis.InsertSizeMetrics
MEDIAN_INSERT_SIZE	MODE_INSERT_SIZE	MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION	MIN_INSERT_SIZE	MAX_INSERT_SIZE	MEAN_INSERT_SIZE	STANDARD_DEVIATION	READ_PAIRS	PAIR_ORIENTATION	WIDTH_OF_10_PERCENT	WIDTH_OF_20_PERCENT	WIDTH_OF_30_PERCENT	WIDTH_OF_40_PERCENT	WIDTH_OF_50_PERCENT	WIDTH_OF_60_PERCENT	WIDTH_OF_70_PERCENT	WIDTH_OF_80_PERCENT	WIDTH_OF_90_PERCENT	WIDTH_OF_95_PERCENT	WIDTH_OF_99_PERCENT	SAMPLE	LIBRARY	READ_GROUP
181	168	16	2	237891393	188.357605	28.274671	12245506	FR	7	13	19	25	33	41	55	73	99	123	169			

## HISTOGRAM	java.lang.Integer
insert_size	All_Reads.fr_count
2	1
3	1
4	2
6	2
7	2
9	3
10	2
11	1
12	2
14	3
15	2
16	1
17	3
18	7
19	4
20	7
21	2
22	5
23	10
24	6
25	6
26	11
27	14
28	6
29	12
30	25
31	20
32	34
33	34
34	26
35	42
36	39
37	49
38	55
39	68
40	55
41	68
42	77
43	71
44	56
45	85
46	89
47	88
48	100
49	149
50	113
51	148
52	143
53	163
54	183
55	140
56	190
57	203
58	200
59	274
60	244
61	244
62	241
63	256
64	243
65	262
66	257
67	245
68	284
69	333
70	361
71	329
72	307
73	310
74	327
75	331
76	324
77	328
78	392
79	500
80	647
81	637
82	486
83	399
84	376
85	377
86	392
87	420
88	430
89	550
90	796
91	859
92	822
93	700
94	602
95	546
96	570
97	651
98	714
99	797
100	961
101	1069
102	1028
103	1018
104	1011
105	988
106	945
107	1067
108	1105
109	1276
110	1377
111	1613
112	1620
113	1466
114	1429
115	1476
116	1513
117	1604
118	1793
119	2073
120	2428
121	2973
122	3604
123	3626
124	2946
125	2608
126	2598
127	3043
128	3441
129	3843
130	4707
131	6015
132	7977
133	10074
134	10708
135	10053
136	9448
137	10139
138	11989
139	15055
140	19183
141	22426
142	24373
143	25340
144	26763
145	28212
146	29159
147	30769
148	33612
149	37640
150	42597
151	49024
152	56365
153	59275
154	59969
155	64023
156	71030
157	81964
158	96415
159	113093
160	126692
161	140532
162	153964
163	175585
164	205980
165	237177
166	256432
167	267054
168	271125
169	270858
170	266067
171	260224
172	254180
173	253342
174	255854
175	259670
176	258765
177	253762
178	242376
179	228995
180	215447
181	201600
182	188373
183	179617
184	170698
185	165187
186	161147
187	155517
188	149885
189	143807
190	135858
191	126492
192	117864
193	109632
194	103277
195	97577
196	94486
197	91757
198	90450
199	88645
200	87628
201	85319
202	83647
203	80776
204	79555
205	79460
206	79343
207	80600
208	82673
209	85025
210	87327
211	89771
212	89609
213	90607
214	89546
215	88609
216	87516
217	87848
218	87804
219	87939
220	87652
221	86593
222	85523
223	82780
224	79696
225	76045
226	72611
227	70042
228	68098
229	66134
230	63879
231	61289
232	58363
233	55317
234	52234
235	49153
236	46199
237	44045
238	42161
239	41037
240	40217
241	38438
242	36474
243	34542
244	32552
245	31050
246	29357
247	27705
248	26336
249	24704
250	23726
251	22528
252	21764
253	20750
254	19385
255	18297
256	17237
257	15952
258	14662
259	13379
260	12306
261	11777
262	10848
263	10313
264	9594
265	8768
266	8107
267	7520
268	6937
269	6279
270	5991
271	5608
272	5242
273	4855
274	4283
275	4047
276	3512
277	3225
278	3027
279	2846
280	2680
281	2575
282	2450
283	2193
284	1913
285	1702
286	1447
287	1353
288	1247
289	1141
290	936
291	863
292	799
293	681
294	623
295	535
296	448
297	422
298	354
299	317
300	310
301	248
302	228
303	220
304	177
305	178
306	146
307	172
308	121
309	141
310	131
311	99
312	120
313	112
314	93
315	88
316	74
317	76
318	64
319	51
320	62
321	58
322	50
323	52
324	47
325	39
326	36
327	30
328	33
329	31
330	25
331	24
332	18
333	16
334	27
335	16
336	16
337	19
338	20
339	16
340	17
341	18
342	22
343	12
344	15
345	11
346	17
347	24
348	16
349	8
350	10
351	17
352	13
353	15
354	7
355	20
356	9
357	8
358	11
359	13
360	8
361	17
362	11
363	12
364	10
365	13
366	7
367	6
368	9
369	6
370	8
371	5
372	1
373	8
374	6
375	5
376	8
377	6
378	8
379	15
380	2
381	7
382	8
383	4
384	5
385	5
386	9
387	7
388	4
389	2
390	7
391	6
392	3
393	3
394	5
395	5
396	3
397	3
398	4
399	6
400	3
401	4
402	8
403	3
404	3
405	3
406	2
407	2
408	2
409	2
410	1
411	3
412	1
413	1
414	2
415	2
416	2
417	2
418	2
419	2
420	1
421	1
422	2
423	2
424	2
426	1
428	1
429	1
430	3
431	2
433	1
434	1
435	1
436	1
438	1
439	2
441	2
442	2
443	1
444	1
445	2
447	3
449	1
450	2
451	2
452	2
454	1
455	2
456	2
457	3
459	1
460	2
461	4
463	2
464	2
465	1
467	3
468	1
469	2
470	1
471	2
472	3
473	3
474	1
475	1
476	3
477	1
479	1
480	1
481	2
483	3
484	1
485	2
486	1
488	4
489	1
490	2
491	2
492	3
493	6
494	3
495	3
496	2
497	3
498	4
499	2
500	4
501	4
502	3
503	1
504	2
505	2
507	2
508	1
509	1
510	3
511	1
512	2
513	2
514	1
515	5
516	3
517	2
518	2
519	1
520	2
521	4
522	4
523	4
524	2
525	2
526	3
527	4
528	1
529	3
530	2
531	3
532	4
533	2
534	6
535	1
536	4
537	4
538	2
539	3
540	1
541	2
542	2
543	2
544	5
545	1
546	2
548	1
549	2
550	1
551	1
552	1
553	3
554	1
555	1
557	2
558	2
559	1
562	1
563	2
564	1
565	3
567	3
572	4
573	5
574	3
576	1
580	3
582	1
583	1
584	1
587	1
589	3
590	2
591	2
593	2
594	1
599	2
603	1
605	1
606	1
607	2
608	1
610	1
612	1
615	3
616	1
618	1
622	1
625	2
629	1
632	1
635	2
641	1
642	1
643	1
645	1
646	1
647	1
648	1
652	1
656	1
661	1
663	1
666	1
668	1
669	2
671	1
674	1
679	2
682	1
683	1
690	1
694	1
698	1
705	2
709	1
715	1
723	1
725	1
729	1
735	3
736	1
740	1
741	2
760	1
771	1
774	1
783	1
789	1
793	2
794	1
796	1
804	1
806	1
814	1
816	2
819	1
821	2
826	1
835	1
837	1
839	2
846	1
863	1
867	1
873	1
874	1
885	1
886	1
893	1
895	1
900	1
902	1
903	1
906	1
916	1
919	2
932	2
937	1
949	1
966	1
969	1
977	1
978	1
982	1
986	1
987	1
993	1
994	1

