assayDataApply	NanoStringRccSet-class
assayDataApply,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
autoplot	NanoStringRccSet-autoplot
autoplot.NanoStringRccSet	NanoStringRccSet-autoplot
class:NanoStringRccSet	NanoStringRccSet-class
class:SignatureSet	SignatureSet
coerce,ExpressionSet,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
controlSubset	NanoStringRccSet-class
controlSubset,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
design,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
design<-,NanoStringRccSet,ANY-method	NanoStringRccSet-class
design<-,NanoStringRccSet,formula-method	NanoStringRccSet-class
design<-,NanoStringRccSet,NULL-method	NanoStringRccSet-class
dimLabels,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
dimLabels<-,NanoStringRccSet,character-method	NanoStringRccSet-class
endogenousSubset	NanoStringRccSet-class
endogenousSubset,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
esBy	NanoStringRccSet-class
esBy,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
fAbove	sScale
fAtLeast	sScale
fAtMost	sScale
fBelow	sScale
fCenter	sScale
fIntCenter	sScale
fIntScale	sScale
fIntThresh	sScale
fScale	sScale
fThresh	sScale
geom_beeswarm_interactive	geom_beeswarm_interactive
getSigFuncs	SignatureSet
getSigFuncs,SignatureSet-method	SignatureSet
ggplot.NanoStringRccSet	NanoStringRccSet-class
groups	SignatureSet
groups,SignatureSet-method	SignatureSet
groups<-	SignatureSet
groups<-,SignatureSet,ANY-method	SignatureSet
groups<-,SignatureSet,factor-method	SignatureSet
groups<-,SignatureSet,NULL-method	SignatureSet
housekeepingSubset	NanoStringRccSet-class
housekeepingSubset,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
length,SignatureSet-method	SignatureSet
lengths,SignatureSet-method	SignatureSet
log2t	log2t
logt	log2t
munge	NanoStringRccSet-class
munge,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
names,SignatureSet-method	SignatureSet
NanoStringRccSet	NanoStringRccSet-class
NanoStringRccSet,environment-method	NanoStringRccSet-class
NanoStringRccSet,ExpressionSet-method	NanoStringRccSet-class
NanoStringRccSet,matrix-method	NanoStringRccSet-class
NanoStringRccSet,missing-method	NanoStringRccSet-class
NanoStringRccSet,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
NanoStringRccSet-autoplot	NanoStringRccSet-autoplot
NanoStringRccSet-class	NanoStringRccSet-class
negativeControlSubset	NanoStringRccSet-class
negativeControlSubset,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
nonControlSubset	NanoStringRccSet-class
nonControlSubset,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
normalize	normalize
normalize,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
positiveControlSubset	NanoStringRccSet-class
positiveControlSubset,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
readNanoStringRccSet	readNanoStringRccSet
readRccFile	readRccFile
readRlfFile	readRlfFile
sAbove	sScale
sAtLeast	sScale
sAtMost	sScale
sBelow	sScale
sCenter	sScale
sData	NanoStringRccSet-class
sData,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
setQCFlags	setQCFlags
setQCFlags,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
setSignatureFuncs<-	NanoStringRccSet-class
setSignatureFuncs<-,NanoStringRccSet,character-method	NanoStringRccSet-class
setSignatureGroups<-	NanoStringRccSet-class
setSignatureGroups<-,NanoStringRccSet,character-method	NanoStringRccSet-class
setSignatureGroups<-,NanoStringRccSet,factor-method	NanoStringRccSet-class
show,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
show,SignatureSet-method	SignatureSet
signatureFuncs	NanoStringRccSet-class
signatureFuncs,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
signatureGroups	NanoStringRccSet-class
signatureGroups,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
signatures	NanoStringRccSet-class
signatures,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
signatures<-	NanoStringRccSet-class
signatures<-,NanoStringRccSet,SignatureSet-method	NanoStringRccSet-class
signatureScores	NanoStringRccSet-class
signatureScores,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
signatureScoresApply	NanoStringRccSet-class
signatureScoresApply,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
SignatureSet	SignatureSet
SignatureSet-class	SignatureSet
signatureSubset	NanoStringRccSet-class
signatureSubset,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
sIntCenter	sScale
sIntScale	sScale
sIntThresh	sScale
sScale	sScale
sThresh	sScale
subset,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
summary,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
svarLabels	NanoStringRccSet-class
svarLabels,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
transform,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
update_geom_params	NanoStringRccSet-class
version	SignatureSet
version,SignatureSet-method	SignatureSet
version<-	SignatureSet
version<-,SignatureSet,ANY-method	SignatureSet
version<-,SignatureSet,character-method	SignatureSet
version<-,SignatureSet,NULL-method	SignatureSet
weights,SignatureSet-method	SignatureSet
weights<-	SignatureSet
weights<-,SignatureSet,ANY-method	SignatureSet
weights<-,SignatureSet,CompressedNumericList-method	SignatureSet
weights<-,SignatureSet,list-method	SignatureSet
weights<-,SignatureSet,NULL-method	SignatureSet
weights<-,SignatureSet,NumericList-method	SignatureSet
with,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
writeNanoStringRccSet	writeNanoStringRccSet
[,NanoStringRccSet-method	NanoStringRccSet-class
