###################################
### release 2.15.1 (15-06-2011) ###
###################################
- fix a bug in filterBkp : remove unecessary modification of profileCGH$BkpInfo after a call to RecomputeGNL when suppressing breakpoints with a too small weight (JM)


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### release 2.13.4 (28-02-2011) ###
###################################
- add keepSmoothing in as.profileCGH in order to use daglad with OnlyOptimCall=TRUE (PG)
- fix a bug in DelRegionTooSmall at the end of chromosomes (PG)


###################################
### release 2.13.3 (20-11-2010) ###
###################################
- a condition has been added such that msize is lower than region.size (this avoid problem in GNL assignment)
- in filterBkp, RecomputedGNL is done for each different checking or not only at the end of the function (this avoid problem in GNL assignment)
- Too small region are detected in a two-step process

###################################
### release 2.8.4 (22-02-2010) ###
###################################
- use of packageStartupMessage function instead of cat

###################################
### release 2.8.3 (09-02-2010) ###
###################################
- modification of glad-limits.h

###################################
### release 2.8.2 (28-01-2010) ###
###################################
- bug correction for inconsistency og GNL affectation

###################################
### release 2.8.0 (04-11-2009) ###
###################################
- filter of small regions has been optimized

###################################
### release 2.4.0 (23-07-2009) ###
###################################
- option region.size has been added in daglad

###################################
### release 2.3.10 (22-07-2009) ###
###################################
- bug correction in chrBreakpoint (when there are only two probes IQR = 0 -> sigma has been forced to 1)
- bu correction in filterBkp

###################################
### release 2.3.9 (17-06-2009) ###
###################################
- option for cytoband data in plotProfile

###################################
### release 2.3.8 (16-06-2009) ###
###################################
- README for gsl configuration under windows

###################################
### release 2.3.7 (14-06-2009) ###
###################################
- option to perform only smoothing
- option to perform omptimisation and calling from already smoothed data

###################################
### release 2.3.6 (11-06-2009) ###
###################################
correction of minor bugs

###################################
### release 2.3.5 (09-06-2009) ###
###################################
bug corrected when a chromosome contains only one probe.
possibility to delete or not breakpoints located in amplicon.
weights can be used with haarseg.

###################################
### release 2.3.2 (03-06-2009) ###
###################################
After the optimisation of the number of Level in daglad, the concept is used in the remaining steps of the algorithm.

###################################
### release 2.3.0 (22-05-2009) ###
###################################
some optimizations (most of the code is C)

###################################
### release 2.1.1 (22-04-2009) ###
###################################
same version as 2.0.0 with some optimizations

###################################
### release 2.0.0 (20-04-2009) ###
###################################
HaarSeg segmentation as an alternative to AWS
optimization of some pices of codes

###################################
### release 1.17.1 (01-07-2008) ###
###################################
Option for GNL assignment of Outliers

###################################
### release 1.15.1 (25-03-2008) ###
###################################
fixed image key in arrayPlot.arrayCGH 

###################################
### release 1.15.0 (23-01-2008) ###
###################################
ylim option in the plotProfile function

##################################
### release 1.9.3 (19-03-2007) ###
##################################
cluster function have been renamed clusterglad

##################################
### release 1.9.2 (14-03-2007) ###
##################################
corrected cytoband data for chromosome 6 (centromer position was wrong).


##################################
### release 1.9.1 (02-03-2007) ###
##################################
Interrupt handling in gawsuni C function.


##################################
### release 1.7.3 (27-09-2006) ###
##################################
Check if the profileCGH object has only missing values.

##################################
### release 1.7.2 (04-09-2006) ###
##################################
Minor changes


##################################
### release 1.7.1 (03-08-2006) ###
##################################
Conditonal compilation for MacOS


##################################
### release 1.7.0              ###
##################################
New release of Bioconductor

##################################
### release 1.4.0 (23-03-2006) ###
##################################
In daglad:
	- after the "Optimization of Breakpoints" step, clones within the same Level can be splitted if they belong to non-contiguous regions.




##################################
### release 1.3.2 (23-03-2006) ###
##################################
In plotProfile:
	- the user can spefify which varaible used to plot the GNL color code.


##################################
### release 1.3.1 (01-03-2006) ###
##################################
In filterBkp:
	- bug correction when the Normal range is computed (the NormalRef value is correctly taken into account)



##################################
### release 1.3.0              ###
##################################
In glad-function.c
	- bug correction in the GNL affectation when ChekBkpPos is performed


##################################
### release 1.2.0              ###
##################################

same release as 1.1.1 but is was built by bioconductor


##################################
### release 1.1.1 (22-08-2005) ###
##################################

New functions:
	- tkglad: graphical interface for glad function.
	- tkdaglad: graphical interface for daglad function.


In as.profileCGH:
	- LogRatio with infinite values can be set to NA or to some specific value.

##################################
### release 1.1.0 (20-07-2005) ###
##################################

New functions:
	- daglad: new method of array CGH data analysis.
	- roundglad: new function to round numeric data.


In plotProfile:
	- modification to allow abline to be used.


##################################
### release 1.0.4 (18-05-2005) ###
##################################
	- small bug fixed in plotProfile


##################################
### release 1.0.3 (28-04-2005) ###
##################################
In glad function:
	- if there is no breakpoints, no object BkpInfo is returned (otherwise there was error when using plotProfile)


##################################
### release 1.0.2 (21-03-2005) ###
##################################
New functions:
	- as.profileCGH: creation of "profileCGH" object.
	- ChrNumeric: convert chromosome into numeric values.
	- plotProfile: plot genomic profile with breakpoints, outliers, smoothing line and cytogenetic banding.


In arrayPlot function:
	- an option for layout has been added. zlim and bar option have been modified to ensure consistency between them.


In glad function:
	- output contains fields in the same order as the input data plus the specific fields created by glad
	- the outliers MAD are calculated on region with at least a minimal cardinality of msize (msize parameter)
	- there are new attributes for the object profileCGH:

		* SigmaC is a data.frame (with Chromosome and Value fields)
		giving the estimation of the standard deviation for each chromosome
		(based on the Inter Quartile Range estimation).

		* BkpInfo is a data.frame giving the list of breakpoints.

	- lawsglad: you can use smoothfunc="lawsglad" which gives the same results as "laws" bur it runs faster.
	- the parameter mediancenter: if 'TRUE', LogRatio are center on their median. The default behavior in the previous
	GLAD release was to automatically center the LogRatio on their median.
	- The smoothing values correspond to the median of each MSHR (i.e. 'Region'). In the previous release,
	the output of the smoothing function was given.


##################################
### release 1.0.1 (22-10-2004) ###
##################################
Bug fixed in affectationGNL function (the function now works in case of no NA values in the data)

A verbose mode allows to retrieve information on the analysis processing


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### release 1.0 (01-04-2004) ###
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First version of the GLAD package
